Universitas Muhammadiyah Purwokerto merupakan alih bentuk dari IKIP Muhammadiyah Purwokerto, yang sudah berdiri pada tanggal 5 April 1965. IKIP Muhammadiyah Purwokerto adalah cabang dari IKIP Muhammadiyah Surakarta. Tahun 1968 IKIP Muhammadiyah Surakarta Cabang Purwokerto memisahkan diri dan beralih nama menjadi IKIP Muhammadiyah Purwokerto.